Fernando Haddad é o segundo de uma família de três filhos. Seu pai, Khalil Haddad, emigrou do Líbano para o Brasil aos 24 anos, em 1947, vindo a estabelecer-se como comerciante atacadista de tecidos. Sua mãe, Norma Thereza Goussain Haddad, uma brasileira filha de libaneses, formou-se no curso de Magistério no Liceu Pasteur e atualmente presta serviços filantrópicos no Grupo Socorrista Maria de Nazaré. Kardecista, D. Norma lia o Evangelho toda semana com Fernando e suas duas irmãs, Priscila e Lúcia, criando nas crianças o hábito da oração antes de dormir, que é mantido até hoje.
A família Haddad cultiva como referência espiritual, Cury Habib Haddad, avô paterno de Fernando, que, ao ficar viúvo, tornou-se padre da Igreja Ortodoxa Grega de Antioquia. Naquele país, destacou-se como líder na luta contra o domínio francês, no período posterior à Primeira Guerra Mundial. Morreu em 1961 no Brasil. Fernando Haddad carrega sempre na carteira a foto do avô, que ele não chegou a conhecer.[15]
Passou a infância no bairro Planalto Paulista, onde desenvolveu a paixão pelo esporte nos campos de várzeas. Além do futebol, Fernando é faixa preta em tae kwon do e lutou kung fu na adolescência. O ex-prefeito também jogou handebol pelo Esporte Clube Sírio e chegou a ser vice artilheiro do campeonato paulista entre 1977 e 1978.
Cursou a pré-escola e o Ensino Fundamental no Ateneu Ricardo Nunes, e o secundário no Colégio Bandeirantes. Em 1981 ingressou na Faculdade de Direito do Largo São Francisco, da USP. Durante a graduação, Fernando Haddad dividiu-se entre os estudos e o trabalho com o pai como balconista no comércio atacadista de tecidos da colônia antioquina na Rua 25 de Março.
Em 1988, aos 25 anos, casou-se com a dentista paulistana Ana Estela Haddad, depois de dois anos de namoro e de uma amizade mantida desde que ele tinha 17 anos. A amizade surgiu por uma curiosa concidência: Ana Estela já tinha o sobrenome Haddad antes de se casar com Fernando, embora os dois não fossem parentes. No Canadá, enquanto trabalhava na dissertação de mestrado, ela fazia estágio em Odontologia. Em 1992 nasceu o primeiro filho, Frederico, e em 2000, a filha Ana Carolina.
Fernando Haddad é professor doutor do DCP-USP, possui graduação em Direito (1985), mestrado em Economia (1990) e doutorado em Filosofia (1996), todos pela Universidade de São Paulo. No final de 1985 diplomou-se em Direito e, no ano seguinte, foi aprovado no exame da OAB. Em outubro de 1986, Haddad foi selecionado para o mestrado em Economia da USP, que viria a concluir em 1990, depois de passar um ano (1989) elaborando a tese como aluno visitante da Universidade McGill. Prosseguiu a jornada acadêmica na USP cursando, entre 1991 e 1996, o doutorado em Filosofia. Nos dois níveis da pós-graduação defendeu teses de crítica ao socialismo real, adotando em ambas abordagens ancoradas na escola frankfurtiana.